Η αντιμετώπιση των αλλεργικών νοσημάτων ξεκινά πάντα με τη σύσταση για αποφυγή του ενοχοποιούμενου αλλεργιογόνου. Δυστυχώς μερικές φορές αυτό δεν αρκεί ή δεν είναι πρακτικά δυνατό να επιτευχθεί. Έτσι λοιπόν, το επόμενο βήμα στην κλίμακα της αντιμετώπισης είναι η χρήση φαρμακευτικής αγωγής για την ύφεση των συμπτωμάτων. Τα πιο συχνά χρησιμοποιούμενα φάρμακα είναι τα αντισταμινικά (από του στόματος ή ενδορινικά) και τα κορτιζονούχα σκευάσματα. Τα τελευταία χορηγούνται σε μορφή εισπνεόμενου αερολύματος στην περίπτωση άσθματος, σε μορφή ενδορινικού σπρέυ για την αντιμετώπιση της αλλεργικής ρινίτιδας και τέλος σε μορφή κρέμας/αλοιφής για την αντιμετώπιση της ατοπικής δερματίτιδας.
Κάθε φαρμακευτική αγωγή έχει δυνητικά ανεπιθύμητες ενέργειες , οι οποίες με τη σωστή καθοδήγηση του ειδικού ιατρού για τον τρόπο χορήγησης και τη διάρκεια της θεραπείας μπορούν να ελαχιστοποιηθούν. Τα νεότερης γενιάς αντισταμινικά φάρμακα έχουν σχεδόν εξαλείψει την πιθανότητα καταστολής απο το κεντρικό νευρικό σύστημα καθιστόντας τα ασφαλή για τα παιδιά όλων των ηλικιών. Επίσης, ισχυρά κορτιζονούχα σκευάσματα για το δέρμα, λόγω της χαμηλής βιοδιαθεσιμότητας τους αποτελούν ασφαλή λύση για τη χρήση τους στο πάσχων ατοπικό παιδικό δέρμα. Οποιαδήποτε ανησυχία των γονιών θα πρέπει να συζητείται με τον θεράποντα ιατρό.